Merge remote-tracking branch 'origin/master'

src/main/java/de/uniluebeck/mi/projmi6/HL7.java

@@ -1,156 +0,0 @@
-package de.uniluebeck.mi.projmi6;
-
-import ca.uhn.hl7v2.DefaultHapiContext;
-import ca.uhn.hl7v2.HL7Exception;
-import ca.uhn.hl7v2.HapiContext;
-import ca.uhn.hl7v2.model.DataTypeException;
-import ca.uhn.hl7v2.model.Message;
-import ca.uhn.hl7v2.model.v25.datatype.DTM;
-import ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.FN;
-import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.ADT_A01;
-import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.BAR_P05;
-import ca.uhn.hl7v2.model.v251.segment.*;
-import ca.uhn.hl7v2.parser.Parser;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Diagnose;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Fall;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Patient;
-
-import java.io.IOException;
-import java.sql.Time;
-import java.time.LocalDate;
-import java.time.LocalDateTime;
-import java.time.LocalTime;
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.List;
-
-/**
- * Created by taschi on 15.11.15.
- * enthaelt alle Klassen um eine Hl7 Nachricht zu erstellen bzw. zu Parsen.
- */
-public class HL7 {
-
-    /**
-     * erstellt eine ADT_A0 nachricht, welche anschließend an die OPS Gruppe verschickt werden soll.
-     * TODO Mit OPS Gruppe absprechen, welche Informationen sie auf jeden Fall benötigen und Code entsprechend anpassen.
-     * @param fall nach dem Erstellen eines neuen Falls wird diese Methode aufgerufen um Hl7 Nachricht zu erzeugen
-     * @param diagnosen Liste aller Nebendiagnosen momentan noch als einzelne Liste uebereben. eventuell die Nebendiagnosen direkt im Fall speichern?
-     * @throws Exception
-     */
-    public void createMessageADTA01( Fall fall, List<Diagnose> diagnosen) throws HL7Exception, IOException {
-        Patient patient = fall.getPatient ();
-        ADT_A01 adt = new ADT_A01 ();
-
-        //default MSH Values (Sets Segments: 1,2,7,9
-        adt.initQuickstart ("ADT", "A01", "P");
-
-        //MSH Segment:
-        MSH mshSegment = adt.getMSH();
-        mshSegment.getMsh3_SendingApplication ().getNamespaceID ().setValue ( "KISGruppe6" );
-        mshSegment.getMsh5_ReceivingApplication ().getNamespaceID ().setValue("OPS Gruppe von Maurice und Torben");
-        mshSegment.getMsh12_VersionID ().getVersionID ().setValue ( "2.2" );
-        mshSegment.getMsh15_AcceptAcknowledgmentType ().setValue ( "AL" );
-        //Security?
-        //Message Control ID?
-        //Processing ID?
-        //Sequence Number ?
-        //Contituation Pointer ?
-        //Cointry Code
-        //Character Set
-        //Principal Language of Message
-
-        //EVN Segment:
-        EVN evnSegment = adt.getEVN ();
-        evnSegment.getEvn1_EventTypeCode ().setValue ("A01");
-        evnSegment.getEvn4_EventReasonCode ().setValue ( "01" );
-        //Operator ID
-        //Event occured
-
-        //PID
-        PID pidSegment = adt.getPID ();
-        pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList (0).getIDNumber ().setValue ( Integer.toString(patient.getPatID ()) );
-        pidSegment.getPid5_PatientName (0).getFamilyName ().getSurname ().setValue ( patient.getNachname () );
-        pidSegment.getPid5_PatientName (0).getGivenName ().setValue ( patient.getVorname () );
-        pidSegment.getPid7_DateTimeOfBirth ().getTime ().setValue ( patient.getGeburtsdatum ().toString () );
-        pidSegment.getPid8_AdministrativeSex ().setValue ( patient.getGeschlecht ().toString () );
-        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getStreetAddress ().getStreetName().setValue ( patient.getStrasse () );
-        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getStreetAddress ().getDwellingNumber ( ).setValue ( patient.getHausnummer () );
-        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getCity ().setValue (patient.getOrt () );
-        pidSegment.getPid13_PhoneNumberHome (0).getTelephoneNumber ().setValue ( patient.getTelefon () );
-        pidSegment.getPid16_MaritalStatus ().getAlternateIdentifier ().setValue ( patient.getFamilienstand ().toString());
-
-        //Dg1 (Diagnosen)
-        List<DG1> dg1List = new ArrayList<> (  );
-        diagnosen.add(fall.getHauptDiagnose ());
-        DG1 dg1Segment = adt.getDG1 ();
-
-        for (Diagnose aDiagnosen : diagnosen) {
-            dg1Segment = adt.getDG1 ();
-            dg1Segment.getDg12_DiagnosisCodingMethod ().setValue ( "ICD10" );
-            dg1Segment.getDg13_DiagnosisCodeDG1 ().getIdentifier ().setValue ( "CODE" );
-            dg1Segment.getDg14_DiagnosisDescription ().setValue ( aDiagnosen.getFreiText () );
-            dg1List.add ( dg1Segment );
-        }
-        //print generated message
-       // printXMLEncodedMessageADT(adt);
-
-    }
-
-    /**
-     * gibt erzeugte hl7 Nachricht auf der Konsole aus (Kann nach Debug phase wieder geloescht werden)
-     * @param msg
-     * @throws HL7Exception
-     */
-    public void printXMLEncodedMessageADT(Message msg) throws HL7Exception {
-        HapiContext context = new DefaultHapiContext ();
-        Parser parser = context.getXMLParser();
-        String encodedMessage = parser.encode (msg);
-        System.out.println (encodedMessage);
-    }
-
-    /**
-     *
-     * @param msg
-     */
-    public void parseMessage(Message msg) throws DataTypeException {
-        if (msg instanceof BAR_P05) {
-            BAR_P05 p05 = (BAR_P05) msg;
-            Patient patient = new Patient();
-            Fall fall = new Fall();
-            EVN evnSegment = p05.getEVN ();
-            LocalDateTime ldt = generateLocalDateTimeFromHl7(p05);
-            patient.setBearbeitetDatumZeit(ldt);
-            //patient.setBearbeiter(evnSegment.getEvn5_OperatorID(0).getIDNumber());
-            PID pidSegment = p05.getPID();
-            patient.setPatID(Integer.valueOf(pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList(0).getIDNumber().getValue()));//evt das 4. Segment
-            patient.setNachname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getFamilyName().getName());
-            patient.setVorname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getGivenName().getValue());
-            ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.DTM geburtsTag = pidSegment.getPid7_DateTimeOfBirth().getTime();
-            LocalDate ld = LocalDate.of(geburtsTag.getYear(),geburtsTag.getMonth(),geburtsTag.getDay());
-            patient.setGeburtsdatum(ld);
-           // patient.setGeschlecht(pidSegment.getPid8_AdministrativeSex().getValue());
-
-
-
-        }
-    }
-
-    public LocalDateTime generateLocalDateTimeFromHl7(BAR_P05 msg) throws DataTypeException {
-        EVN evnSegment = msg.getEVN();
-
-        int stunden = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getHour ();
-        int minuten = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getMinute ();
-        int sekunden = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getSecond ();
-        int tag = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getDay ();
-        int monat = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getMonth ();
-        int jahr = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getYear ();
-        LocalTime bearbeitetZeit = LocalTime.of(stunden,minuten,sekunden);
-        LocalDate bearbeitetDate = LocalDate.of(jahr, monat, tag);
-        LocalDateTime ldt = LocalDateTime.of(bearbeitetDate, bearbeitetZeit);
-
-        return ldt;
-
-    }
-
-
-
-}

src/main/java/de/uniluebeck/mi/projmi6/hapi/HL7Sender.java

@@ -0,0 +1,136 @@
+package de.uniluebeck.mi.projmi6.hapi;
+
+import ca.uhn.hl7v2.DefaultHapiContext;
+import ca.uhn.hl7v2.HL7Exception;
+import ca.uhn.hl7v2.HapiContext;
+import ca.uhn.hl7v2.model.Message;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.ADT_A01;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.segment.DG1;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.segment.EVN;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.segment.MSH;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.segment.PID;
+import ca.uhn.hl7v2.parser.Parser;
+import ca.uhn.hl7v2.parser.PipeParser;
+import ca.uhn.hl7v2.validation.ValidationContext;
+import ca.uhn.hl7v2.validation.impl.ValidationContextFactory;
+import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Diagnose;
+import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Fall;
+import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Patient;
+
+import java.io.BufferedWriter;
+import java.io.File;
+import java.io.FileWriter;
+import java.io.IOException;
+import java.sql.SQLException;
+import java.time.LocalDateTime;
+import java.util.List;
+
+import static de.uniluebeck.mi.projmi6.db.DBHandler.getDiagnosenByFall;
+
+/**
+ * Created by taschi on 22.11.15.
+ */
+public class HL7Sender {
+
+    /**
+     * erstellt eine ADT_A0 nachricht, welche anschließend an die OPS Gruppe verschickt werden soll.
+     * TODO Mit OPS Gruppe absprechen, welche Informationen sie auf jeden Fall benötigen und Code entsprechend anpassen.
+     * @param fall nach dem Erstellen eines neuen Falls wird diese Methode aufgerufen um Hl7 Nachricht zu erzeugen
+     * @throws Exception
+     */
+    public void createMessageADTA01( Fall fall) throws HL7Exception, IOException, SQLException {
+        Patient patient = fall.getPatient ();
+        ADT_A01 adt = new ADT_A01 ();
+
+        //default MSH Values (Sets Segments: 1,2,7,9,11
+        adt.initQuickstart ("ADT", "A01", "P");
+
+        //MSH Segment:
+        MSH mshSegment = adt.getMSH();
+        mshSegment.getMsh3_SendingApplication ().getNamespaceID ().parse ( "KISGruppe6" );
+        mshSegment.getMsh5_ReceivingApplication ().getNamespaceID ().parse("OPS Gruppe von Maurice und Torben");
+        mshSegment.getMsh12_VersionID ().getVersionID ().parse ( "2.51" );
+        mshSegment.getMsh15_AcceptAcknowledgmentType ().parse ( "AL" );
+        //TODO check ob segment 10 gesetzt wurde
+
+        //EVN Segment:
+        EVN evnSegment = adt.getEVN ();
+        evnSegment.getEvn1_EventTypeCode ().parse("A01");
+        evnSegment.getEvn4_EventReasonCode ().parse ( "01" );
+        //Operator ID
+        //Event occured
+
+        //PID
+        PID pidSegment = adt.getPID ();
+        pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList (0).getIDNumber ().setValue ( Integer.toString(patient.getPatID ()) );
+        pidSegment.getPid5_PatientName (0).getFamilyName ().getSurname ().setValue ( patient.getNachname () );
+        pidSegment.getPid5_PatientName (0).getGivenName ().setValue ( patient.getVorname () );
+        pidSegment.getPid7_DateTimeOfBirth ().getTime ().setValue ( patient.getGeburtsdatum ().toString () );
+        pidSegment.getPid8_AdministrativeSex ().setValue ( patient.getGeschlecht ().toString () );
+        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getStreetAddress ().getStreetName().setValue ( patient.getStrasse () );
+        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getStreetAddress ().getDwellingNumber ( ).setValue ( patient.getHausnummer () );
+        pidSegment.getPid11_PatientAddress (0).getCity ().setValue (patient.getOrt () );
+        pidSegment.getPid13_PhoneNumberHome (0).getTelephoneNumber ().setValue ( patient.getTelefon () );
+        pidSegment.getPid16_MaritalStatus ().getAlternateIdentifier ().setValue ( patient.getFamilienstand ().toString());
+
+        //Diagnosen
+        List<Diagnose> diagnosen = getDiagnosenByFall ( fall );
+        diagnosen.add(fall.getHauptDiagnose ());
+        if(!diagnosen.isEmpty ()) {
+            for (Diagnose diagnose : diagnosen) {
+                DG1 dg1Segment = adt.getDG1 ();
+                dg1Segment.getDg13_DiagnosisCodeDG1 ().getIdentifier ().parse ( diagnose.getIcd10code ().getCode () );
+                dg1Segment.getDg16_DiagnosisType ().setValue ( String.valueOf ( diagnose.getIcd10code ().getVersion () ) );
+                dg1Segment.getDg116_DiagnosingClinician ()[0].parse ( diagnose.getArzt ().toString () );
+                dg1Segment.getDg14_DiagnosisDescription ().parse ( diagnose.getFreiText () );
+                dg1Segment.getDg16_DiagnosisType ().parse ( diagnose.getDiagArt ().toString () );
+                adt.getDG1All ().add ( dg1Segment );
+            }
+        }
+
+        printXMLEncodedMessageADT(adt);
+
+    }
+
+
+
+    /**
+     * gibt erzeugte hl7 Nachricht auf der Konsole aus (Kann nach Debug phase wieder geloescht werden)
+     * @param msg
+     * @throws HL7Exception
+     */
+    public void printXMLEncodedMessageADT(Message msg) throws HL7Exception, IOException {
+        HapiContext context = new DefaultHapiContext ();
+        Parser parser = context.getXMLParser();
+        String encodedMessage = parser.encode(msg);
+        LocalDateTime ldt = LocalDateTime.now();
+        File file = new File("ADTA01Messafge" +LocalDateTime.now().toString() +"xml" );
+        if (!file.exists()) {
+            file.createNewFile();
+        }
+        FileWriter fw = new FileWriter(file.getAbsoluteFile());
+        BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw);
+        bw.write(encodedMessage);
+        bw.close();
+        System.out.println (encodedMessage);
+    }
+
+    /**
+     *
+     * @param msg
+     */
+
+    public void validateMessage(Message msg) {
+        HapiContext context = new DefaultHapiContext();
+        context.setValidationContext( ValidationContextFactory.<ValidationContext>defaultValidation());
+        PipeParser parser = context.getPipeParser();
+        try {
+            parser.encode(msg);
+        } catch (HL7Exception e) {
+            System.out.println("invaid message!" +e);
+        }
+
+    }
+
+
+}