parser in hapi branch

src/main/java/de/uniluebeck/mi/projmi6/HL7.java

@@ -7,6 +7,8 @@ import ca.uhn.hl7v2.model.DataTypeException;
 import ca.uhn.hl7v2.model.Message;
 import ca.uhn.hl7v2.model.v25.datatype.DTM;
 import ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.FN;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.group.BAR_P05_PROCEDURE;
+import ca.uhn.hl7v2.model.v251.group.BAR_P05_VISIT;
 import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.ACK;
 import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.ADT_A01;
 import ca.uhn.hl7v2.model.v251.message.BAR_P05;
@@ -16,9 +18,7 @@ import ca.uhn.hl7v2.parser.PipeParser;
 import ca.uhn.hl7v2.validation.ValidationContext;
 import ca.uhn.hl7v2.validation.impl.ValidationContextFactory;
 import de.uniluebeck.mi.projmi6.db.DBHandler;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Diagnose;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Fall;
-import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.Patient;
+import de.uniluebeck.mi.projmi6.model.*;
 
 import java.io.BufferedWriter;
 import java.io.File;
@@ -32,6 +32,8 @@ import java.time.LocalTime;
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.List;
 
+import static de.uniluebeck.mi.projmi6.db.DBHandler.getPatient;
+
 /**
  * Created by taschi on 15.11.15.
  * enthaelt alle Klassen um eine Hl7 Nachricht zu erstellen bzw. zu Parsen.
@@ -86,10 +88,6 @@ public class HL7 {
         pidSegment.getPid13_PhoneNumberHome (0).getTelephoneNumber ().setValue ( patient.getTelefon () );
         pidSegment.getPid16_MaritalStatus ().getAlternateIdentifier ().setValue ( patient.getFamilienstand ().toString());
 
-<<<<<<< HEAD
-=======
-        validateMessage(adt);
->>>>>>> a06bab3... saveMessage in a file Diagnsen ersteinma rausgenommen
         /*
         //Dg1 (Diagnosen)
         List<DG1> dg1List = new ArrayList<> (  );
@@ -106,12 +104,152 @@ public class HL7 {
         */
         //print generated message
         printXMLEncodedMessageADT(adt);
-<<<<<<< HEAD
-=======
 
     }
 
->>>>>>> a06bab3... saveMessage in a file Diagnsen ersteinma rausgenommen
+
+    /**
+     *
+     * @param msg
+     */
+    public void parseMessage(Message msg) throws HL7Exception, SQLException {
+        if (msg instanceof BAR_P05) {
+            BAR_P05 p05 = (BAR_P05) msg;
+            PID pidSegment = p05.getPID();
+            EVN evnSegment = p05.getEVN ();
+            Patient patient;
+            Fall fall;
+            Station station;
+            StationsHistorie statHist;
+            List<Diagnose> diagnosenP05 = new ArrayList<> (  );
+            List<Untersuchung> untersuchungenP05 = new ArrayList<> (  );
+            List<BAR_P05_VISIT> visitList = p05.getVISITAll ();
+            int pid = Integer.valueOf(pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList(0).getIDNumber().encode ());//evt das 4. Segment ?
+            if (getPatient(pid) != null) {
+                patient =  getPatient(pid);
+                //TODO wie bekommen wir hier den aktuellen Fall ?
+                fall = null;
+                List<Diagnose> diagnosenKIS;
+                //TODO dbHandler query getDiagnosen by FallID um herauszufinden ob DIagnose geupdatet werden soll oder neu erzeugt
+                List<Untersuchung> untersuchungenKIS;
+
+            } else {
+                //neuen Patienten anlegen
+                patient = new Patient ();
+                fall = new Fall();
+                fall.setPatient ( patient );
+                patient.setPatID(Integer.valueOf(pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList(0).getIDNumber().encode ()));//evt das 4. Segment
+                patient.setNachname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getFamilyName().encode ());
+                patient.setVorname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getGivenName().encode ());
+                ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.DTM geburtsTag = pidSegment.getPid7_DateTimeOfBirth().getTime();
+                LocalDate ld = LocalDate.of(geburtsTag.getYear(),geburtsTag.getMonth(),geburtsTag.getDay());
+                patient.setGeburtsdatum(ld);
+                //TODO funktion in den Enums anlegen
+                // patient.setGeschlecht(pidSegment.getPid8_AdministrativeSex().getValue());
+                //patient.setFamilienstand();
+                //TODO patient in datenbank neu anlegen
+            }
+
+            //Stationshistorie aktualisieren
+            for (BAR_P05_VISIT visit: visitList) {
+                PV1 pv1Segment =visit.getPV1 ();
+                if(stationExists()) {
+                    //TODO getStationshistorie
+                    statHist = new StationsHistorie ();
+                } else {
+                    station = new Station();
+                    station.setStation ( pv1Segment.getPv13_AssignedPatientLocation ().getPointOfCare ().encode () );
+                    station.setAbteilung ( pv1Segment.getPv13_AssignedPatientLocation ().getFacility ().encode () );
+                    statHist = new StationsHistorie ();
+                    statHist.setStation ( station );
+                }
+                statHist.setFallID ( fall.getFallID () );
+                statHist.setAufnahmeDatum (generateLocalDateTimeFromHl7(pv1Segment.getPv144_AdmitDateTime ().getTime ())  );
+                statHist.setEntlassungsDatum(generateLocalDateTimeFromHl7(pv1Segment.getPv145_DischargeDateTime ()[0].getTime ()));
+
+
+
+                //Untersuchungen
+                List<BAR_P05_PROCEDURE> procedureList = visit.getPROCEDUREAll();
+                for (BAR_P05_PROCEDURE procedure : procedureList) {
+                    PR1 pr1Segment = procedure.getPR1();
+                    Untersuchung untersuchung = new Untersuchung();
+
+                    OpsCode opscode = new OpsCode(pr1Segment.getPr13_ProcedureCode ().encode (), "", Integer.valueOf ( pr1Segment.getProcedureDescription ().getVersion ()));
+                    untersuchung.setOpscode(opscode);
+                    untersuchung.setUntersuchungsdatum(generateLocalDateTimeFromHl7 (pr1Segment.getProcedureDateTime().getTime()));
+                    untersuchung.setFall(fall);
+
+                    //TODO dbHandler query was genau ist die untersID?
+                    String einweisenderarzt = pr1Segment.getPr112_ProcedurePractitioner(0).encode();
+                    untersuchung.setDurchfuehrenderArzt(new Mitarbeiter(0));
+
+                    untersuchungenP05.add(untersuchung);
+                }
+
+                // Diagnosen
+                List<DG1> dg1Segmente = visit.getDG1All ();
+                for ( DG1 dg1Segment : dg1Segmente) {
+                    Icd10Code icd10code;
+                    if(icd10CodeExists ()) {
+                        //TODO get icd Code
+                        icd10code = null;
+                    } else {
+                        icd10code = new Icd10Code(dg1Segment.getDg13_DiagnosisCodeDG1 ().getIdentifier().encode(), "", Integer.valueOf ( dg1Segment.getDg16_DiagnosisType ().getVersion ()));
+
+                    }
+
+                    String einweisenderArzt = dg1Segment.getDg116_DiagnosingClinician ()[0].encode ();
+                    //TODO dbHandler query
+
+                    Mitarbeiter mitarbeiter = new Mitarbeiter(0);
+                    //TODO herausfinden ob diagnose bereits existiert
+                    Diagnose diagnose = new Diagnose();
+                    diagnose.setIcd10code(icd10code);
+                    diagnose.setArzt(mitarbeiter);
+                    diagnose.setFall(fall);
+                    diagnose.setFreiText ( dg1Segment.getDg14_DiagnosisDescription ().encode () );
+                    //TODO Diagnoseart
+
+                    diagnosenP05.add(diagnose);
+                }
+
+                //ACK generieren aenderungen in db schreiben.
+            }
+
+
+            LocalDateTime ldt = generateLocalDateTimeFromHl7(evnSegment.getEventOccurred ().getTime ());
+            patient.setBearbeitetDatumZeit(ldt);
+            patient.setBearbeiter(Integer.valueOf ( evnSegment.getEvn5_OperatorID(0).getIDNumber().encode ()));
+
+        }
+    }
+
+    private boolean icd10CodeExists() {
+        return false;
+    }
+    private LocalDateTime generateLocalDateTimeFromHl7( ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.DTM dtm) throws DataTypeException {
+        int stunden = dtm.getHour ();
+        int minuten = dtm.getMinute ();
+        int sekunden = dtm.getSecond ();
+        int jahr = dtm.getYear ();
+        int monat = dtm.getMonth ();
+        int tag = dtm.getDay ();
+
+        LocalTime bearbeitetZeit = LocalTime.of(stunden,minuten,sekunden);
+        LocalDate bearbeitetDate = LocalDate.of(jahr, monat, tag);
+        LocalDateTime ldt = LocalDateTime.of(bearbeitetDate, bearbeitetZeit);
+
+        return ldt;
+    }
+
+    public boolean abteilungExists(String abteilungsID) {
+        return false;
+    }
+    public boolean stationExists() {
+        return false;
+    }
+
 
 
     /**
@@ -139,43 +277,6 @@ public class HL7 {
      *
      * @param msg
      */
-<<<<<<< HEAD
-    public void parseMessage(Message msg) throws DataTypeException {
-
-=======
-    public void parseMessage(Message msg) throws DataTypeException, SQLException {
-        if (msg instanceof BAR_P05) {
-            BAR_P05 p05 = (BAR_P05) msg;
-
-            EVN evnSegment = p05.getEVN();
-            PID pidSegment = p05.getPID();
-
-            DBHandler dh = new DBHandler();
-            Patient patient =dh.getPatient(Integer.valueOf(pidSegment.getPid3_PatientIdentifierList(0).getIDNumber().getValue()));
-            Fall fall = new Fall();
-
-            LocalDateTime ldt = generateLocalDateTimeFromHl7(p05);
-            patient.setBearbeitetDatumZeit(ldt);
-            patient.setBearbeiter(Integer.valueOf(evnSegment.getEvn5_OperatorID(0).getIDNumber().getValue()));
-
-            /** wenn ein neuer patient angelegt werden sollte
-            patient.setNachname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getFamilyName().getName());
-            patient.setVorname(pidSegment.getPid5_PatientName(0).getGivenName().getValue());
-            ca.uhn.hl7v2.model.v251.datatype.DTM geburtsTag = pidSegment.getPid7_DateTimeOfBirth().getTime();
-            LocalDate ld = LocalDate.of(geburtsTag.getYear(), geburtsTag.getMonth(), geburtsTag.getDay());
-            patient.setGeburtsdatum(ld);
-            Patient.Geschlecht geschlecht = Patient.Geschlecht.parseStringFromHL7(pidSegment.getPid8_AdministrativeSex().getValue());
-            patient.setGeschlecht(geschlecht);
-            patient.setStrasse(pidSegment.getPid11_PatientAddress(0).getStreetAddress().getStreetName().getValue());
-            patient.setOrt(pidSegment.getPid11_PatientAddress(0).getCity().getValue());
-            patient.setHausnummer(pidSegment.getPid11_PatientAddress(0).getStreetAddress().getDwellingNumber().getValue());
-            patient.setTelefon(pidSegment.getPid13_PhoneNumberHome(0).getTelephoneNumber().getValue());
-            Patient.Familienstand familienstand = pidSegment.getPid16_MaritalStatus().getAlternateText().getValue();
-            patient.setFamilienstand();
-             */
-        }
->>>>>>> a06bab3... saveMessage in a file Diagnsen ersteinma rausgenommen
-    }
 
     public void validateMessage(Message msg) {
         HapiContext context = new DefaultHapiContext();
@@ -189,22 +290,7 @@ public class HL7 {
 
     }
 
-    public LocalDateTime generateLocalDateTimeFromHl7(BAR_P05 msg) throws DataTypeException {
-        EVN evnSegment = msg.getEVN();
 
-        int stunden = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getHour ();
-        int minuten = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getMinute ();
-        int sekunden = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getSecond ();
-        int tag = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getDay ();
-        int monat = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getMonth ();
-        int jahr = evnSegment.getEvn2_RecordedDateTime ().getTime ().getYear ();
-        LocalTime bearbeitetZeit = LocalTime.of(stunden,minuten,sekunden);
-        LocalDate bearbeitetDate = LocalDate.of(jahr, monat, tag);
-        LocalDateTime ldt = LocalDateTime.of(bearbeitetDate, bearbeitetZeit);
-
-        return ldt;
-
-    }